故事发生在美丽的志摩市。因交通意外失去母亲的小男孩相泽透，一天在好奇心的驱使下，在海岛上找到一块闪烁着红光的石头，上面还有一枚蛋。刚握在手里，从蛋里竟孵出一只小乌龟来，为了纪念母亲生前对他的昵称，小透给小乌龟起名为“透透”，并瞒着父亲孝介把透透养在家里　　平常在家里不爱说话的小透，由此一天天的开朗起来，这让孝介感到惊讶而欣慰。然而，事情并没有这么简单，这并不是普通的小乌龟，它不但生长速度惊人，...

　　2008年1月の放送終了後も根強い人気を誇る「仮面ライダー電王」の最後の戦いを描く劇場版第3弾。世間で噂の幽霊列車について調査を開始したモモタロスたちの前に、“仮面ライダー幽汽”が立ちはだかる。なんとその正体は、誘拐された電王・良太郎だった。モモタロスや新たに電王となった幸太郎らは、良太郎の言葉を手がかりにデンライナーで300年前へと向かう。新電王・幸太郎を演じるのは「アクエリアンエイジ　劇場...

　　ある日、デンライナーが操縦不能になったとモモタロスが良太郎（溝口琢矢）に助けを求めてくる。彼らがデンライナーにかかりきりになっている間に、良太郎の姉の愛理（松本若菜）が不幸にも何者かに襲われるというアクシデントが発生する。実は、その事件を裏で操っているのは侑斗（中村優一）だということが発覚するが……...

　　イマジンによる乗車チケットの盗難事件がターミナルで発生し、良太郎（溝口琢矢）とモモタロスはチケットを奪い返そうとするが、逆に深手を負ってしまう。助っ人として、幸太郎（桜田通）とテディが現われるが、両者の契約は終了したとオーナー（石丸謙二郎）が衝撃の発言をいきなり浴びせる...

　　良太郎（溝口琢矢）とモモタロスたちが協力して謎のイマジンの探索をしていると、そこにイマジンに憑依（ひょうい）された海東大樹（戸谷公人）が現れる。彼はまんまと電王のパスとデンライナーを盗むことに成功し、悠々と去って行く。良太郎たちがショックでぼうぜんとしていると、そこに時間警察の黒崎レイジが（古川雄大）が姿を現す...